Según la Fundación Cotec para la Innovación Tecnológica, el rendimiento de todo sistema descansa en gran parte en la interrelación de sus elementos; por lo tanto, considera que este principio también es válido para el sistema de innovación. Bajo esa premisa, el tercer debate que ha organizado sobre el sistema español de innovación se ha centrado en los vínculos que existen entre los agentes que lo conforman. El resultado ha sido el libro blanco Las relaciones en el sistea español de innovación, en el que se recogen los propósitos que han de plantearse en las diez relaciones posibles entre los agentes de los cinco elementos del sistema de innovación, así como las posibles pautas que podrían servir de guía en esas relaciones. El objetivo es el de avanzar hacia un sistema de innovación con mayor capital relacional y, por ello, mejor preparado para hacer frente a los retos derivados de la actual coyuntura económica y social.